水果加工生产线对果汁加工原料洁净度的要求主要是指水果原料表面和内部初始细菌含量及农药残留量满足要求。在果汁加工原料污垢中，污垢中含有大量微生物，有些原料与树叶、小树汁或包装材料混合，有些水果受损或果实表面覆盖有污垢。 在储存过程中很容易很快腐坏，因此清洗和去除杂质是非常重要的过程。决定果汁加工原料贮存性能的较重要因素是采购时原料的初始细菌含量。细菌的含量也决定了保存（灭菌）的效果与期限，从而保证了果汁的质量。目前世界各国对果汁中农药残留的要求非常严格。 特别是一些特殊食品不允许含有农药残留，如婴儿食品、保健食品。
限制水果加工生产线果汁原料农药残留的只有办法就是果蔬汁厂家与果蔬原料供应商签订合同，确保加工企业能够有效监督果蔬原料供应商所有种植措施，使果蔬原料中农药残留不会超过合同规定的较大限度。果汁生产企业在执行合同时，应只允许原料供应商使用经过检测、国家标准化、规定浓度的植物保护剂。施用这些农药时，应提前设定时间间隔。尽可能早地阻止水果上的病虫害（冬季喷洒和生长中的叶片）。叶片生长后，应结合生物防治措施，进行有针对性的喷药作业，而不是一般的喷药作业，如果可能，完全不喷药。同时，果汁企业应努力提高对果汁加工原料的清洁，提高果汁加工原料的洁净度。
已经腐坏或开始腐坏的水果加工生产线果汁原料是不能用来制作果汁的；如果原料储存仓库里的许多果汁加工原料已经严重腐坏，只只去除腐坏的水果是远远不够的。因为这时，腐烂水果的味道和气味物质已经进入健康水果的内部。一般来说，整个堆放在储存空间的果汁原料已经失去了加工价值。所以，受到各类腐坏病菌的侵害、昆虫幼虫严重侵袭的果汁原料都会受到损害。无论是《食品卫生法》的规定还是消费者的利益，这些原料制作的果汁不卫生，感官质量也差，不能用作果汁加工原料。如果果汁加工材料因非寄生而损坏，如采摘和运输过程中的影响，或冰雹或冰冻造成的损坏，该果汁加工材料一旦受伤应立即加工，否则不能使用。
水果的洁净度和完好度决定着果汁的较终品质，生产果汁的企业切忌不能以次充好，食品安全问题不单单是某一部分人的责任，更是人与人之间的信任和道德。如果想了解更多关于水果加工生产线对果汁加工原料的相关知识，欢迎前来咨询。