水果加工生产线对果汁加工原料清洁度的要求主要是指水果原料表面和内部的初始细菌含量和农药残留。在果汁加工原料污垢中，污垢中含有大量微生物，有些原料与树叶、小树汁或包装材料混合，有些水果被损坏或水果表面被污垢覆盖。它在储存过程中容易迅速腐烂，因此清洁和去除杂质是非常重要的过程。确定果汁加工材料的储存性能的较重要因素是购买时材料的初始细菌含量。细菌的含量也决定了保存（灭菌）的效果和持续时间，从而确保了果汁的质量。目前，世界各国对果汁中农药残留的要求非常严格。特别是一些特殊食品不允许含有农药残留，如婴儿食品和保健食品。
限制水果加工生产线果汁原料中农药残留的全部途径，是果蔬汁生产商与果蔬原料供应商签订合同，确保他们能够有效监控果蔬原料供应商的所有种植方式，使果蔬原料中的农药残留不超过合同规定的较高限量。果汁生产企业在执行合同时，只允许原料供应商使用经检验的、国家标准化的、规定浓度的植保剂。使用这些除害剂时，应预先设定时间间隔。尽早预防水果病虫害(冬季喷雾和生长的叶子)。叶片生长后，应结合生物防治措施，有针对性地进行喷洒作业，而不是一般的喷洒作业，如果可能，根本不进行喷洒作业。同时，果汁企业应努力提高果汁加工原料的清洁度，提高果汁加工原料的清洁度。
水果加工生产线中已经腐坏或开始腐坏的果汁原料不能用于制作果汁；如果原料储存仓库里的很多果汁加工原料已经严重腐坏，但但是去除腐坏的果实是远远不够的。此时，腐烂水果的味道和气味物质已经进入健康水果的内部。一般来说，堆放在储藏空间的果汁原料已经失去了加工价值。因此，被各种腐坏菌和昆虫幼虫侵入的果汁原料会受到破坏。无论从《食品卫生法》的规定，还是从消费者的利益考虑，这些原料制成的果汁不卫生，感官质量差，不能作为果汁加工原料。如果果汁加工材料因非寄生而损坏，如采摘和运输过程中的影响，或冰雹或冰冻造成的损坏，果汁加工材料一旦受伤应立即处理，否则不能使用。
通常来说，水果变坏的的原因可以分成三类：一是由于磕碰引起的机械性损伤；二是由于低温引起的受伤；三是由于微生物侵染引起的霉变腐烂。w66利来国际公司认为水果选用新鲜的不但是为了维护企业良好的信誉，也是维持人与人之间信任的体现。