灭菌是水果加工生产线生产产品的重要一步。灭菌方法取决于食物的性质。灭菌方法包括超高温瞬时灭菌，高压灭菌，低温灭菌，巴氏灭菌，微波灭菌和紫外线灭菌。
高温瞬时灭菌也可称为UHT灭菌。一般加热温度为125-150℃，加热时间为2-8s，加热后的产品满足无菌要求。该灭菌方法可瞬间达到灭菌目的，灭菌效果特别好，灭菌要求几乎达到或接近灭菌，所引起的化学变化小。具有提高加工能力、节约能源、减少设备体积、稳定产品质量、对设备进行现场不拆循环清洗等优点。
高压灭菌是指食品在包装后放入液体介质中，灭菌要求通过100-1000MPa的压力实现一段时间。低温灭菌是指对食品中的微生物进行部分灭菌的加热方法，通常在100℃以下的温度下进行。灭菌食品通常需要通过冷藏，发酵，添加添加剂，脱氧等进行处理。这种灭菌方法通常用于果汁饮料和保质期短的产品。
巴氏杀菌是很早的灭菌方法。巴氏灭菌使用热水作为传热介质，灭菌温度约为60-75度。把温度控制在一定范围，通过加热和变冷来控制细菌繁殖。巴氏消毒其实就是利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。由于需要很长时间并且灭菌不理想，这种灭菌方法很少用于大中型食品生产。
微波杀虫灭菌是使食品中的微生物，在微波作用下使其体内蛋白质和生理活动物质发生变异，从而达到食品灭菌、保鲜的目的。微波杀菌是微波处理食物的过程，使食物中的微生物失去活力或死亡。
紫外线杀菌是利用紫外线，因其波长在两百四十到两百八十纳米范围内，可以破坏细菌病毒中的脱氧核糖核酸或核糖核酸的分子结构，造成生长性细胞死亡或再生性细胞死亡，达到杀菌消毒的效果。紫外线杀菌作用是紫外线促进细胞质变性的杀菌作用，特别是抑制脱氧核糖核酸复制和细胞分裂，导致微生物细胞受损甚至死亡。
水果加工生产线不同的灭菌方式是针对水果特性的多样化和生产制造的不同产品来使用的，正确的使用灭菌方法不仅可以增加产品在市场上的竞争力，还可以减少因为某种情况对企业带来不良影响的概率。