果汁饮料生产线的饮料灭菌方法有物理灭菌和化学灭菌两类。化学灭菌方法是使用环氧乙烷、过氧化氢、次氯酸钠等灭菌剂。由于化学残留物的影响，当代食品灭菌方法往往是物理灭菌方法。物理灭菌分为热灭菌和冷灭菌。
  热杀菌法又分为微波杀菌法、远红外加热杀菌法、热杀菌法和干热杀菌法。冷杀菌法分为冷冻杀菌法、紫外线辐射杀菌法和电离辐射杀菌法。湿热杀菌法可分为高温短时杀菌法、超高温瞬时杀菌和巴氏杀菌法。
  所谓的巴氏杀菌就是长期低温杀菌。灭菌温度低于100℃，保温时间为30分钟。高温短时灭菌（HTST）：灭菌温度一般为1000℃，就像牛奶一样，HTST灭菌温度为85℃，保持15秒以上。超高温瞬间灭菌（UHT），120℃的灭菌温度只持续几秒钟。
  HTST和UHT灭菌方法不只效率高，而且食品的结构、外观、营养和风味保存都优于其他灭菌方法。根据果汁饮料生产线的灭菌方法，相应开发的饮料灭菌设备种类繁多，处理材料的形式分为以下三种：
  （1）未经包装的乳制品、果汁等材料是流体饮料杀菌设备流体饮料。间接和直接是可分为处理这类材料的杀菌设备。用板和管热交换器对饮料进行热交换杀菌是间接式，将蒸汽直接喷入材料中进行杀菌是直接式。
  （2）罐装饮料杀菌设备罐装饮料、瓶装饮料等包装容器饮料，根据杀菌温度可分为加压杀菌设备和常压杀菌设备。常压杀菌设备用于pH值小于4.5的饮料产品进行灭菌，其杀菌温度为100℃以下。巴氏杀菌原理设计的罐头杀菌设备属于此类。压力灭菌设备压力大于0.1MPa，一般在封闭设备中进行，温度常用120℃左右。常压加压灭菌设备也可分为间歇式和连续式。根据灭菌设备使用的热源不同，可分为加水加热灭菌设备、直接蒸汽加热灭菌设备、火焰连续灭菌机等。
  （3）使用电磁波的物理灭菌设备是利用远红外线、微波、紫外线等物理辐射进行加热灭菌的一种有前途的灭菌设备。
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